这是一个创建于 322 天前的主题，其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。
在做生物信息学分析过程中，用到的软件为 R/python ，和一些其他生物分析常用软件，在跑多线程任务时候经常出问题。
1 ） 多线程任务，
1.1 ） 比如，Error in unserialize(node$con) ，还有一些 warning ，说是线程没有返回结果（还有其他一些线程错误代码）
1.2) R 和其他的软件在跑多线程的时候，用的__好像__是 c++, 是我 c++还需要进行适配嘛?
1.3) 我 python 跑一些多线程任务时候好像就比较稳定。
2 ） 有些数据存储过程不稳定；
2.1 ） 下载的生信数据(fastq.gz)md5sum 不知道什么原因就变了（数据有些 quality, reads 长度不一致），数据不可用
2.2) 但我的一些其他数据好像没有问题，一些基于 R/python 存储的对象，csv ，txt 的超大表格等，没有问题，可以正常读取，数据重新跑，结果也能完美重复，但是我没有 check 过 md5sum
尝试过的解决方法：
1 ） 重装系统，
2 ） 换硬盘(固态 -> 硬盘 -> 固态)，硬盘挂载方式也从 lvm -> 直接挂载
3 ） ubuntu 桌面卸载
4 ） 换软件版本（尝试了超多的版本）
都不行
后来用公司服务器跑就没有什么问题（公司用的是铂金的 cpu ）。采取和我本地电脑相同的软件配置，相同的数据。
1 ） 数据稳定
2 ） 一些软件没有报错
目前我只能暂定认为是硬件稳定性不好，
吐血求助： 到底是哪里问题，1 ）是家用主板是不是当不了 server ，2 ）还是我个人配置问题，3 ）还是我硬件没有氪金上高档的。
我的配置是：
CPU 12700 （散片），
主板 MSI-B660M ，
内存 DDR4 asgrad 32GB x 3 ，16GB x 1 （ 22 年购买，用的是网上相对很便宜的 DDR4 ）
系统 Ubuntu
第 1 条附言 · 303 天前
首先非常感谢各位大佬的回复，
1 ） 关于数据问题：
* 下载后的数据我每次都会做 md5sum ，确保下载之后的数据完整。我的电脑的问题是：
* 下载数据 ->md5sum test 通过 -> 过了一段时间(或者跑程序之后) -> md5sum test 就和原来的不一样了。
* 错误不可控，跑程序 1 -> A 文件坏了 ->重新下重新跑 -> A 文件，也有可能 B 文件坏了:(
* 目前解决方法： 放弃原来电脑的硬盘，用之前老电脑做了一个 NAS （ truenas ），网络挂载（只读），数据终于稳定了
2) 程序错误问题：
正在测试...
1 ） 关于数据问题：
* 下载后的数据我每次都会做 md5sum ，确保下载之后的数据完整。我的电脑的问题是：
* 下载数据 ->md5sum test 通过 -> 过了一段时间(或者跑程序之后) -> md5sum test 就和原来的不一样了。
* 错误不可控，跑程序 1 -> A 文件坏了 ->重新下重新跑 -> A 文件，也有可能 B 文件坏了:(
* 目前解决方法： 放弃原来电脑的硬盘，用之前老电脑做了一个 NAS （ truenas ），网络挂载（只读），数据终于稳定了
2) 程序错误问题：
正在测试...
第 2 条附言 · 288 天前
内存坏了
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a22271001 322 天前
看程序代码
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2
LittleSho 322 天前 via Android
内存用 memtest86 跑 4 圈看看有没有 error
CPU 用 intel 处理器诊断工具跑一遍试试(需要在 windows 下跑) |
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weidaizi 322 天前
😂 md5sum 变了这个还有可能是硬盘的问题，但是 OP 说线程返回错误，这个锅都要系统/硬件来背是不是夸张了
而且啥代码都不贴，给个报错信息，别人怎么知道是什么错误？ |
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kkkbbb 322 天前
操作系统多线程不稳定，头一次听说也是
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F7TsdQL45E0jmoiG 321 天前
服务器内存有 ecc 校验
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F7TsdQL45E0jmoiG 321 天前
另外，disable cpu 超线程
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ShuWei 321 天前
极大概率是代码的锅
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laqow 321 天前
下载国外数据大概率出错是国内网络特色。另外如果通过移动机械硬盘拷贝 10G 以上数据大概率会出现写入错误，应该用带校正的软件拷贝。ubuntu 默认是缓存读写硬盘，卸载移动硬盘前应该运行 sync 合并缓存。
python 和 R 原生都是假的多线程，使用 sock 方式实现共享内存时需要复制主进程所有内存，很容易就内存不足。ubuntu 下可以使用 fork 方式实现内存共享。 |
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imlm 317 天前
生信数据库数据 md5sum 校验出问题大概率是网络问题，特别是特别大的 fq 文件，建议更换网络。有些时候为了防止传输 fq 文件中的出错，我会选择做私人种子传输😓
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tomychen 311 天前
检查内存吧 当年撸了个 copy file 因为内存问题,搞得我怀疑人生,直到有一天,我无意中 cp xxx.iso /tmp/xxx.iso
然后 再 check md5 才发现错怪了自己 |
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faoisdjioga OP 测试了很多。mmtest 显示内存有问题。
不打算继续买内存做测试了。大概率是内存的问题。CPU 和其他硬盘都测了，没有问题。 |
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